Vanajavesikeskuksen ydintehtävä on kokonaisen vesistöreitin – Vanajan reitin – suojeleminen.
Sen järviä ja jokia ei voida suojella hoitamatta samalla koko valuma-aluetta. Vanajaveden valuma-alue eli Vanajan reitti ulottuu yhdentoista kunnan ja kolmen maakunnan alueelle.
Alueen kunnat ovat Hämeenlinna, Janakkala, Hattula, Loppi, Riihimäki, Hausjärvi, Kärkölä, Hollola (Hämeenkoski), Tammela, Valkeakoski, Akaa ja Lempäälä. Kaikki alueen kunnat ovat mukana rahoittamassa Vanajavesikeskusta.
Vanajavesikeskus puolustaa vesiensuojelun lisäksi myös alueen muita arvoja. Tähtäimessä on koko alueen vetovoimaisuuden vahvistaminen.