Vallonjärvi ja Uskilanlahden perukka ovat luonnonsuojelualueita. Molemmissa kohteissa on runsas vesikasvillisuus ja monipuolinen eläimistö. Jotta vesistökunnostustoimien mahdollisuuksia ja rajoituksia voitaisiin arvioida, tehtiin järvillä kesän 2020 aikana luontoselvitykset. Kartoituksissa perehdyttiin vesikasvillisuuteen sekä ns. direktiivilajien esiintymiseen järvissä ja niiden rantaluhdissa. Kartoitustyön tekivät Pirkanmaan lintutieteellinen yhdistys ry vesi- ja rantalintujen sekä viitasammakon osalta. Latvasilmu osuuskunta kartoitti vesikasvillisuuden, direktiivilajilistalla mainitut sudenkorennot sekä Vallonjärven lepakot.
Luontoselvitysten tulokset tulevat ohjaamaan mahdollisia jatkotoimien suunnittelua niin, ettei arvokkaiden lajien esiintymisalueille aiheuteta haittavaikutuksia – ja toisaalta niin, että kunnostustoimet hidastaisivat esimerkiksi umpeenkasvun haittavaikutuksia myös näiden lajien kannalta.