Pirkanmaan ELY-keskuksen tilaama valtakunnalliseen lintuvesiensuojeluohjelmaan ja Natura 2000-verkostoon kuuluvan Tykölänjärven kunnostussuunnitelma sisältää toimenpiteitä, jotka vaativat vesilain mukaisen lupakäsittelyn. Tällaisia toimenpiteitä ovat mm. ruoppaus, pesimäsaarekkeiden teko ja pohjapadon muutostyöt. Lisäksi suunnitelmassa esitetään lukuisia muita toimenpiteitä, esim. vesiensuojelukosteikot, pesimäluotojen raivaaminen sekä puuston ja pensaiden raivaaminen.
Vanajavesikeskuksen paikallisesti koordinoimassa kuusivuotisessa FRESHABIT LIFE IP-hankkeessa (2016-2022) pyritään toteuttamaan huomattava osa kunnostussuunnitelmassa esitetyistä toimenpiteistä. Rannanomistajilta pyydetään suostumusta Tykölänjärven kunnostushankkeen toteuttamiseen.