Isosorsimon torjuminen on hankalaa ja kallista sen elinvoimaisen ja siten tehokkaasti leviävän ja syvälle maaperään tunkeutuvan juuriston vuoksi. Juuren osia voi kulkeutua mm. työkoneiden tai virtaavan veden mukana uusille alueille, jonka vuoksi kasvia tai sen kasvualuetta työstettäessä olisi hyvä noudattaa erityistä huolellisuutta kasvin osien leviämisen ehkäisemiseksi. Torjuntaan ja leviämisen ehkäisyyn on kuitenkin useita keinoja, joista merkittävin ja helpoin tapa on kasvuston poisto kitkemällä juurineen silloin, kun kasvi ei ole vielä ehtinyt levitä. Oleellinen osa torjuntaa on myös lisätä ihmisten taitoa tunnistaa laji ja sen haitat sekä kansalaisaktiivisuutta. Lajin torjumiseksi ei tiedetä kemiallista keinoa, jolla ei olisi epäsuotuisia vaikutuksia vesiluontoon.
Ympäristöhallinnon yhteinen verkkopalvelu (Ymparisto.fi) -sivuilta löytyy hyvä muistilista vesikasvien poistoa suunnittelevalle. Näin voi varmistua siitä, ettei aiheuta vesikasvillisuutta poistamalla enemmän haittaa kuin hyötyä. Kestävän kehityksen opiskelijat ovat koonneet Suomen kattavan konekantarekisterin, johon on listattu isosorsimon poistoa tekeviä yrityksiä.
Niittäminen
Isosorsimoa voi torjua niittämällä, vaikkakin sen vaikutus kasvin torjuntaan on vähäinen juuriston säilyessä elinvoimaisena. Niitto tulee tehdä useaan kertaan kesässä, joista ensimmäinen tulisi tehdä ennen isosorsimon kukintaa. Niiton jälkeen kasvin osat tulee kerätä pois. Niittojätteen hävittäminen onnistuu tehokkaimmin kuivattamalla kasvin osat ja kuivatuksen jälkeen polttamalla ne. Niittoon täytyy olla maanomistajan lupa ja suuremmilla aloilla tulee tehdä niittoilmoitus ELY-keskukselle.
Pressutus
Pressuttaminen toimii parhaiten vetisillä paikoilla, jolloin kasvi mätänee pressun alle. Kuivemmilla paikoilla pressun reunan lähellä kasvi saa riittävästi valoa ja juuristo säilyy elinvoimaisena. Vanajavesikeskuksen Lehijärvellä tekemän kokeilun mukaan isosorsimoa ei saatu hävitettyä pressutuksella missään testikohteessa. Parhaimmillaan kasvi mädäntyi pressujen alle osittain, mutta jatkoi elinvoimaisena kasvuaan toisaalla.
Ruoppaaminen
Isompien kasvustojen poistaminen tehdään ruoppaamalla. Paras ajankohta pienten ruoppausten toteuttamiseen on syksy ja varhainen kevät. Samentumisen ja muiden ruoppauksesta aiheutuvien haittojen vähentämiseksi ruoppaustyö tulisi ajoittaa virkistyskäyttökauden ulkopuolelle. Lintujen pesintäaikoja ja kalojen kutuaikoja on vältettävä. Ruopata voi pääsääntöisesti 1.9.–30.4 välisenä aikana. Ruoppauksesta on tehtävä ruoppausilmoitus ELY-keskukseen ja vesialueen omistajalle. Vesilain mukainen lupa pitää hakea AVI:sta, jos ruoppausmassoja kertyy vähintään 500m3.